1.Το ΕΠΑ δύναται να χρηματοδοτεί Ειδικά Προγράμματα, τα οποία έχουν στόχο την άμεση και ολοκληρωμένη αντιμετώπιση ειδικών προβλημάτων ή αναγκών ή αναπτυξιακών ευκαιριών που προκύπτουν σε εθνικό ή τοπικό επίπεδο, στο χρηματοδοτικό σχήμα των οποίων μπορεί να συμμετέχουν με πόρους διεθνείς και εθνικοί χρηματοπιστωτικοί οργανισμοί, αναπτυξιακές τράπεζες, δημόσια και ιδιωτικά ιδρύματα ειδικού χρηματοδοτικού σκοπού και επενδυτικά ταμεία.
2. Τα ειδικά προγράμματα καταρτίζονται από τη Δι.Δι.Ε.Π. ή τον οικείο Υπουργό ή Περιφερειάρχη με συγκεκριμένο προϋπολογισμό, χρονοδιάγραμμα, στόχους, υπηρεσία διαχείρισης και σύστημα διαχείρισης και εγκρίνονται από τον Υπουργό Οικονομίας και Ανάπτυξης. Αρμόδια υπηρεσία για την διαχείριση των Ειδικών Προγραμμάτων του Υπουργείου Οικονομίας και Ανάπτυξης ορίζεται η Δι.Δι.Ε.Π.