Ο σχεδιασμός και η υλοποίηση των ΤΠΑ και ΠΠΑ διέπεται από τις ακόλουθες αρχές προγραμματισμού:
α) Ο συνολικός προϋπολογισμός κάθε ΤΠΑ και ΠΠΑ δεν μπορεί να υπερβαίνει τον προβλεπόμενο για αυτό στο ΕΠΑ. Οι φορείς σχεδιασμού / κατάρτισης συμπεριλαμβάνουν τον προϋπολογισμό όλων των έργων του φορέα κατάρτισης ή της περιφέρειας που έχουν ήδη ενταχθεί σε συλλογικές αποφάσεις εθνικών πόρων του ΠΔΕ, ή πρόκειται να ενταχθούν μέσα στην προβλεπόμενη προγραμματική περίοδο.
β) Ο προϋπολογισμός περιλαμβάνει κάθε έργο το οποίο υλοποιείται εν όλω ή εν μέρει κατά τη συγκεκριμένη προγραμματική περίοδο.
γ) Το ΣΔΕ δύναται να προβλέπει ειδικότερες ρυθμίσεις στο πλαίσιο των διαδικασιών υλοποίησης των προγραμμάτων, καθώς και ιδιαίτερες προϋποθέσεις ένταξης ειδικών κατηγοριών έργων, όπως τα έργα στρατηγικής σημασίας. Επίσης προβλέπει την επιβολή κυρώσεων για τις περιπτώσεις διαπιστούμενης μη συμμόρφωσης α) με τους όρους και τις προϋποθέσεις χρηματοδότησης των έργων στο πλαίσιο του ΕΠΑ και του ΠΔΕ και β) με τους όρους των αποφάσεων ένταξης.