1. Με εξαίρεση το ΦΠΑ, απαλλάσσεται από κάθε φόρο, τέλος, εισφορά, δικαίωμα ή άλλη επιβάρυνση υπέρ του Δημοσίου, Ν.Π.Δ.Δ., Δήμων και Κοινοτήτων και τρίτων κάθε εμπράγματη ή ενοχική δικαιοπραξία της Α.Ζ.Κ. ΑΕ και των επιχειρήσεων, που είναι εγκατεστημένες στην Ζ.ΚΑΙ.Θ., όπως συμβάσεις μεταβίβασης ακινήτων ή εκμίσθωσής τους, σύσταση εμπράγματου δικαιώματος, σύσταση ενοχικής σχέσης και γενικά κάθε δικαιοπραξία που εκτελεί η Α.Ζ.Κ. ΑΕ ή οι εγκατεστημένες εντός της Ζ.ΚΑΙ.Θ. επιχειρήσεις, οι οποίες πληρούν τα κριτήρια της ΚΥΑ, που προβλέπεται στο άρθρο 12 παρ.3 του Ν.3489/2006.
2. Εκπίπτουν ολοσχερώς από τα καθαρά κέρδη όλες οι δαπάνες επιστημονικής και τεχνολογικής έρευνας, οι οποίες ορίζονται στην Απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης με αριθμό 12962/3.11.1987 (ΦΕΚ 734 Β΄/22.12.1987), όπως κάθε φορά ισχύει, των επιχειρήσεων που είναι εγκατεστημένες στην Ζ.ΚΑΙ.Θ. και που πληρούν τα κριτήρια της ΚΥΑ, η οποία προβλέπεται στο άρθρο 12 παρ.3 του Ν.3489/2006, μετά από πιστοποίηση των δαπανών και έκδοση σχετικής βεβαίωσης από την ΑΖΚ ΑΕ. Η έκπτωση αυτή ισχύει εφόσον οι δαπάνες αυτές δεν έχουν αποτελέσει αντικείμενο άλλης ενίσχυσης.
Η συνολική φορολογική ελάφρυνση που προκύπτει από την εφαρμογή της διάταξης αυτής δεν υπερβαίνει το 25 % του αθροίσματος των επιλέξιμων δαπανών ΕΑΚ της προαναφερθείσας Υπουργικής Απόφασης 12962/3.11.1987 που πραγματοποιήθηκαν σε περίοδο που δεν υπερβαίνει τα τρία συνεχόμενα φορολογικά έτη.
3. Οι επιχειρήσεις, που είναι εγκατεστημένες και λειτουργούν εντός της Ζ.ΚΑΙ.Θ. και οι οποίες πληρούν τα κριτήρια της ΚΥΑ, η οποία προβλέπεται στο άρθρο 12 παρ.3 του Ν.3489/2006 και παράγουν καινοτόμα προϊόντα, έχουν μειωμένο φορολογικό συντελεστή κατά 5 ποσοστιαίες μονάδες από τον εκάστοτε ισχύοντα φορολογικό συντελεστή. Η εφαρμογή του μειωμένου φορολογικού συντελεστή ισχύει για όσο διάστημα οι επιχειρήσεις παράγουν καινοτόμα προϊόντα. Ο σχετικός έλεγχος θα διενεργείται από την Α.Ζ.Κ. ΑΕ, θα επαναλαμβάνεται ανά τριετία και θα εκδίδεται προς τούτο σχετική βεβαίωση.
4. Εκπίπτουν ολοσχερώς τα χρηματικά ποσά που καταβάλλονται από φορολογούμενους ιδιώτες ή από Νομικά Πρόσωπα λόγω δωρεάς προς την Αλεξάνδρεια Ζώνη Καινοτομίας Α.Ε.