Για την ανάπτυξη της Ζ.ΚΑΙ.Θ. θεσπίζεται με τα επόμενα άρθρα ειδικό θεσμικό πλαίσιο κινήτρων προσέλκυσης επιχειρήσεων στη Ζ.ΚΑΙ.Θ., με αποκλειστικό χωρικό πεδίο εφαρμογής αυτών την εδαφική έκταση που καταλαμβάνουν οι θύλακες της Ζ.ΚΑΙ.Θ., όπως κάθε φορά αυτοί οριοθετούνται με βάση όσα προβλέπονται στο άρθρο 11 του Ν. 3489/2006, όπως ισχύει. Η «Αλεξάνδρεια Ζώνη Καινοτομίας Α.Ε.» (Α.Ζ.Κ. Α.Ε.), η οποία ιδρύθηκε με τα άρθρα 3-10 του Ν. 3489/2006, μεριμνά για την εφαρμογή και υλοποίηση των κινήτρων και προτείνει αρμοδίως τη λήψη μέτρων για την επέκταση αυτών ή / και θέσπιση νέων κατηγοριών κινήτρων, τα οποία κρίνονται αναγκαία για την πραγμάτωση του ιδρυτικού σκοπού της Ζ.ΚΑΙ.Θ.