1. Για κάθε ΕΠ Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας συνιστάται Κοινή Γραμματεία ως διοικητική μονάδα, κατ΄ εφαρμογή του άρθρου 23 παρ. 2 του Κανονισμού (ΕC) 1299/2013 και σύμφωνα με τους ειδικούς όρους των συμφωνιών με τα επιμέρους Κράτη Εταίρους.
2. Με Απόφαση των Υπουργών Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας και Διοικητικής Μεταρρύθμισης & Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης ρυθμίζονται η διαδικασία συγκρότησης κάθε Κοινής Γραμματείας, ο τρόπος συμμετοχής, απόσπασης ή πρόσληψης προσωπικού σε αυτές από το δημόσιο ή ιδιωτικό τομέα από την Ελλάδα ή το εξωτερικό, καθώς και κάθε άλλο σχετικό θέμα.
3. Αρμόδια για τις διαδικασίες επαληθεύσεων (πιστοποιήσεων) των δαπανών των συγχρηματοδοτούμενων έργων είναι η ΕΥΔ του Στόχου Εδαφική Συνεργασία (Interreg), η οποία μέσω ειδικής προς τούτο Μονάδας έχει σε όλη την ελληνική επικράτεια τη συνολική ευθύνη και των πέντε διασυνοριακών Προγραμμάτων, τόσο για τις διοικητικές επαληθεύσεις (άρθρο 114, παρ. 5α του Γενικού Κανονισμού) όσο και για τις επιτόπιες επαληθεύσεις (άρθρο 114, παρ. 5β του Γενικού Κανονισμού) των δράσεων Ελλήνων εταίρων, οι οποίοι συμμετέχουν στα έργα ως επικεφαλής ή ως απλοί εταίροι.
4. Για τη διενέργεια των επαληθεύσεων συγκροτείται ειδικό για τον σκοπό αυτό μητρώο επαληθευτών – ελεγκτών, το οποίο θα στελεχωθεί με διαδικασία ανοικτής πρόσκλησης, αποστολής βιογραφικών και διαγωνιστική διαδικασία επιλογής. Η αρμόδια Μονάδα αναλαμβάνει την τήρηση του μητρώου, την εκπαίδευση των ελεγκτών – επαληθευτών, τη λειτουργία ειδικού πληροφοριακού συστήματος, καθώς και διοικητικά θέματα διαδικασίας ελέγχων, πχ. επικοινωνία με φορείς, αρχειοθέτηση, διαμόρφωση ειδικών χώρων διεξαγωγής ελέγχων, δειγματοληπτικές επαναλήψεις ελέγχων, αξιολόγηση ελεγκτών κλπ.
5. Ειδικά θέματα για τη συγκρότηση, λειτουργία και αποζημίωση του μητρώου θα καθοριστούν με απόφαση του Υπουργού Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας, (προσόντα προσκαλούμενων, εμπειρία στη διαχείριση έργων, ρήτρα αμεροληψίας και σύγκρουσης συμφερόντων, διαδικασίες εκπαίδευσης και εξετάσεων κλπ.).
6. Η σχετική τεχνογνωσία για τη διαδικασία συγκρότησης του μητρώου λαμβάνεται τόσο από το μητρώο ΕΜΠΑ και ΕΜΠΕ του 3908/11, όσο και από παρόμοια μητρώα αξιολογητών του ΕΦΕΠΑΕ και άλλων ΕΠ.