1. Η συμβατική αμοιβή του αναδόχου δεν αναθεωρείται κατά τη διάρκεια της αρχικής συνολικής συμβατικής προθεσμίας, εκτός εάν η υπογραφή της σύμβασης καθυστερήσει πέραν των δύο (2) μηνών από την απόφαση ανάθεσης. Στην περίπτωση αυτή η συμβατική αμοιβή του αναδόχου αναθεωρείται κατά το χρονικό διάστημα της καθυστέρησης αφαιρουμένων των δύο πρώτων μηνών.
Αν η προθεσμία αυτή παραταθεί για λόγους που δεν οφείλονται σε υπαιτιότητα του αναδόχου και για το μέρος της αμοιβής που αντιστοιχεί στις εργασίες για τις οποίες δόθηκε εντολή εκπόνησης και που εκτελούνται μετά τη λήξη της συμβατικής προθεσμίας, οφείλεται αναθεώρηση, με χρόνο εκκίνησης το χρόνο λήξης της αρχικής προθεσμίας και χρόνο λήξης της, το χρόνο πληρωμής των εργασιών που εκτελέστηκαν μετά τη λήξη της αρχικής προθεσμίας. Το ποσοστό και η διαδικασία της αναθεώρησης ορίζεται με απόφαση του Υπουργού που έχει τις αρμοδιότητες της Γενικής Γραμματείας Υποδομών. Μετά την ισχύ του παρόντος νόμου και μέχρι την έκδοση της ανωτέρω απόφασης, ισχύει η αντίστοιχη απόφαση που αφορά στη διαδικασία αναθεώρησης που εκδόθηκε με βάση τα προβλεπόμενα στο ν.3316/2005 (Α΄ 42).
2. Η κατ’ αποκοπήν αμοιβή μελέτης που έχει ανατεθεί κατά το άρθρο 99 καταβάλλεται σύμφωνα με τα οριζόμενα στην οικεία προκήρυξη μετά την υποβολή της μελέτης και την παραλαβή της. Η κατ’ αποκοπή αμοιβή δεν επιδέχεται αναθεώρηση.
Σε όλες τις άλλες περιπτώσεις ανάθεσης σταδίων μελέτης η αμοιβή καταβάλλεται τμηματικά, επί τη βάσει της γενομένης με την οικονομική προσφορά του αναδόχου ανάλυσης της αμοιβής του και κατανέμεται σε προκαταβολή και πληρωμές μετά την υποβολή, την έγκριση και παραλαβή της μελέτης. Ειδικότερα:
α) Με την υπογραφή της σύμβασης, καθώς και την εντολή έναρξης κάθε επόμενου σταδίου χορηγείται στον ανάδοχο άτοκη προκαταβολή που ανέρχεται σε ποσοστό δεκαπέντε (15%) της συμβατικής αμοιβής του σταδίου, έναντι ισόποσης εγγυητικής επιστολής, εκδιδομένης κατά τα οριζόμενα στο άρθρο 67.
β) Μετά την παρέλευση του μισού συμβατικού χρόνου εκπόνησης κάθε σταδίου και εφόσον έχει κατά την κρίση της επιβλέπουσας υπηρεσίας εκπονηθεί εργασία ποσοστού μεγαλύτερου του πενήντα τοις εκατό (50%) του υπόψη σταδίου, καταβάλλεται έναντι ισόποσης εγγυητικής επιστολής επιπλέον ποσοστό είκοσι τοις εκατό (20%) της αμοιβής που αντιστοιχεί στο υπόψη στάδιο.
γ) Μετά την υποβολή κάθε σταδίου ανά κατηγορία μελέτης, κατόπιν συνοπτικού ελέγχου της πληρότητας και επάρκειας αυτής, επιστρέφονται οι εγγυήσεις των προηγούμενων εδαφίων και καταβάλλεται ανακεφαλαιωτικά ποσοστό εβδομήντα τοις εκατό (70%) της αμοιβής του σταδίου.
δ) Εφόσον η μελέτη δεν έχει εγκριθεί μετά την παρέλευση διμήνου από την υποβολή της, καταβάλλεται κατόπιν συνοπτικού ελέγχου επάρκειας αυτής επιπλέον ποσοστό δέκα τοις εκατό (10%).
ε) Μετά την έγκριση και προσωρινή παραλαβή κάθε ενδιάμεσου σταδίου ανά κατηγορία μελέτης καταβάλλεται επιπλέον ποσοστό είκοσι τοις εκατό (20%) της αμοιβής του σταδίου.
στ) Μετά την έγκριση του τελικού σταδίου της μελέτης καταβάλλεται επιπλέον ποσοστό δεκαπέντε τοις εκατό (15%) της αμοιβής του τελικού σταδίου ή είκοσι τοις εκατό (20%) της αμοιβής του τελικού σταδίου με κατάθεση εγγυητικής επιστολής για το επιπλέον πέντε τοις εκατό (5%).
ζ) Μετά την τελική παραλαβή της μελέτης καταβάλλεται το υπόλοιπο της αμοιβής (5%) ή επιστρέφεται η εγγυητική επιστολή της προηγούμενης περίπτωσης.
3. Η αμοιβή για την παροχή υπηρεσιών, που προσδιορίζεται κατά τη σύμβαση βάσει τιμής ανά ημέρα ή μήνα απασχόλησης για κάθε κατηγορία επιστήμονα, καταβάλλεται με μηνιαίες πιστοποιήσεις, για τις οποίες ο ανάδοχος υποβάλλει αντίστοιχους λογαριασμούς. Οι λογαριασμοί βασίζονται στον πραγματικό χρόνο απασχόλησης των επιστημόνων και στις προσφερόμενες τιμές μονάδας (ανθρωποημέρα ή ανθρωπομήνα) για κάθε κατηγορία. Αν ο χρόνος απασχόλησης είναι μικρότερος του μηνός, η αμοιβή είναι ανάλογη με το χρόνο αυτόν. Για τον υπολογισμό της αμοιβής θεωρείται ότι ο μήνας περιλαμβάνει είκοσι δύο (22) εργάσιμες ημέρες, ασχέτως του πραγματικού αριθμού εργάσιμων ημερών. Όταν η αμοιβή των συμβάσεων αυτών ορίζεται κατ΄ αποκοπή, ο τρόπος καταβολής των ενδιάμεσων πληρωμών ορίζεται με τη σύμβαση.
4. Για την πληρωμή της αμοιβής του ο ανάδοχος συντάσσει και υποβάλλει στη Διευθύνουσα Υπηρεσία λογαριασμούς, στους οποίους εμφανίζονται διακριτά οι αμοιβές για το επιμετρούμενο τμήμα της σύμβασης, όπως ερευνητικές και υποστηρικτικές εργασίες, που εκτελέσθηκαν και επιμετρήθηκαν από τον ανάδοχο, όπως εγκρίθηκαν από τη Διευθύνουσα Υπηρεσία.
Η έγκριση της επιμέτρησης ολοκληρώνεται σε προθεσμία 2 μηνών από την υποβολή της και προσυπογράφεται από τον επιβλέποντα. Οι λογαριασμοί διακρίνουν επίσης τις αμοιβές που αντιστοιχούν στην αρχική και στις συμπληρωματικές συμβάσεις και συντάσσονται ανακεφαλαιωτικά, δηλαδή περιλαμβάνουν την αμοιβή που συνολικά οφείλεται μέχρι τη σύνταξη και υποβολή τους, αφαιρουμένων των ποσών που καταβλήθηκαν προηγουμένως. Στους λογαριασμούς περιλαμβάνονται ποσά μόνο για εργασίες που προβλέπονται στη σύμβαση (αρχική και τυχόν συμπληρωματικές) ή σε εγκεκριμένους Συγκριτικούς Πίνακες και αποζημιώσεις λόγω υπερημερίας του εργοδότη.
5. Στους λογαριασμούς περιλαμβάνονται η ανάλυση των διαφόρων ποσών, στην οποία αναφέρονται τα στοιχεία στα οποία αυτή στηρίζεται, οι εγγυητικές επιστολές της προκαταβολής και της πρώτης τμηματικής πληρωμής, που ισχύουν κατά την υποβολή του λογαριασμού και το πληρωτέο ποσό. Μετά από έλεγχο και προσυπογραφή του επιβλέποντα, ο οποίος βεβαιώνει τη σύνταξή τους κατά τις ισχύουσες διατάξεις και τη σύμβαση, οι λογαριασμοί εγκρίνονται από τη Διευθύνουσα Υπηρεσία μέσα σε έναν μήνα από την υποβολή τους και αποτελούν την πιστοποίηση για την πληρωμή του αναδόχου. Αν οι λογαριασμοί περιέχουν ασάφειες ή σφάλματα, σε βαθμό που η διόρθωσή τους να καθίσταται ανέφικτη, επιστρέφονται στον ανάδοχο για επανασύνταξη μέσα στην προθεσμία έγκρισής τους. Αν οι ασάφειες και τα σφάλματα αφορούν διακριτά κονδύλια των λογαριασμών, εγκρίνονται κατά το μη αμφισβητούμενο μέρος και κατά το υπόλοιπο επιστρέφονται για επανασύνταξη. Η μηνιαία προς έγκριση προθεσμία αρχίζει από την υποβολή του επανασυνταγμένου λογαριασμού.
6. Αν η πληρωμή λογαριασμού καθυστερήσει, χωρίς υπαιτιότητα του αναδόχου, πέρα από έναν μήνα, μετά τη ρητή έγκριση του οφείλεται τόκος υπερημερίας που υπολογίζεται σύμφωνα με τις διατάξεις της παραγρ. Ζ του ν.4152/2013(ΦΕΚ Α΄107). Ο ανάδοχος δικαιούται ακόμα να διακόψει τις εργασίες της σύμβασης μέχρι την καταβολή της αμοιβής του, ύστερα από κοινοποίηση ειδικής έγγραφης δήλωσης περί διακοπής των εργασιών, προς τη Διευθύνουσα Υπηρεσία. Στην περίπτωση αυτή δικαιούται ισόχρονη παράταση. Υπαιτιότητα του αναδόχου για τη μη πληρωμή λογαριασμού υπάρχει μόνο σε περίπτωση κατά την οποία αποδεδειγμένα εκλήθη εγγράφως από την αρμόδια υπηρεσία του κυρίου του έργου, αυτός αδράνησε ή παρέλειψε να προσκομίσει τα αναγκαία δικαιολογητικά για την πληρωμή του.
7. Η κατάσχεση της αμοιβής του αναδόχου πριν από την παραλαβή του αντικειμένου της σύμβασης δεν επιτρέπεται.