Κατά τη διενέργεια εποπτείας ο οικονομικός φορέας, ο εκπρόσωπός του και κάθε άλλο ενδιαφερόμενο πρόσωπο έχει τα ακόλουθα δικαιώματα:
1. Να λαμβάνει γνώση των φύλλων ελέγχου που θα χρησιμοποιηθούν σε πιθανό μελλοντικό έλεγχο, τα οποία πρέπει να είναι δημoσιευμένα και προσβάσιμα στους οικονομικούς φορείς.
2. Με την επιφύλαξη των όσων ορίζονται σε ειδικότερη νομοθεσία για την αδικαιολόγητη άρνηση του ελέγχου ή την παρακώλυση του έργου των ελεγκτών, να αρνείται την υποβολή του σε έλεγχο ή σε τμήμα του ελέγχου, εφόσον ο ελεγκτής προβαίνει σε έλεγχο εκτός του πεδίου εποπτείας ή αρμοδιότητάς του. Στην περίπτωση αυτή, η ένσταση του ελεγχόμενου καταγράφεται στην έκθεση ελέγχου και υπογράφεται από τον ίδιο.
3. Να συμμετέχει ο ίδιος ή ο εκπρόσωπός του σε όλες τις ενέργειες άσκησης εποπτείας και να παρέχει εξηγήσεις σχετικά με τις δραστηριότητες που καλύπτονται από τον έλεγχο.
4. Να υποβάλει συμπληρωματικές πληροφορίες, να παρέχει εξηγήσεις και να εκφράζει τη γνώμη του σε ζητήματα που προκύπτουν κατά τη διάρκεια του ελέγχου.
5. Να αρνείται να συμμορφωθεί σε αίτημα ελεγκτή σχετικά με την επίδειξη εγγράφων και υλικών σε περίπτωση που δεν σχετίζονται με τον έλεγχο ή όταν ο ελεγκτής δεν έχει το δικαίωμα να ελέγξει τα έγγραφα αυτά.
6. Να μην υποβάλει ένα έγγραφο, το οποίο έχει ήδη υποβληθεί στην ίδια ή σε άλλη δημόσια υπηρεσία.
7. Να απαιτεί την τήρηση εχεμύθειας σχετικά με πληροφορίες εμπιστευτικού χαρακτήρα στις οποίες ο ελεγκτής έχει πρόσβαση κατά τη διάρκεια του ελέγχου.
8. Να δύναται να προβεί σε καταγγελία κατά τα οριζόμενα στο άρθρο 7 όταν ο ελεγκτής που διεξήγε τον έλεγχο υπέπεσε σε ανάρμοστη ή παράνομη συμπεριφορά, ή σε περίπτωση σύγκρουσης ιδιωτικού και δημοσίου συμφέροντος.
9. Να δύναται να αιτείται την εξαίρεση του ελεγκτή όταν υπάρχουν γεγονότα που εγείρουν εύλογη αμφιβολία για την αμεροληψία του λόγω της σχέσης του με τον οικονομικό φορέα ή άλλων περιστάσεων που μπορεί να οδηγήσουν σε σύγκρουση ιδιωτικού και δημόσιου συμφέροντος.
10. Να λαμβάνει γνώση των σχολίων και συμπερασμάτων των ελεγκτών προκειμένου να διατυπώσει απόψεις, εξηγήσεις ή ενστάσεις επί των ευρημάτων του ελέγχου καθώς και να λαμβάνει αντίγραφα όλων των εγγράφων του ελέγχου (σύμφωνα με το άρθ. 5 ΚΔΔ). Τα ως άνω δύνανται να λαμβάνουν χώρα και επιτόπου εφόσον ολοκληρώνονται την ίδια στιγμή με το πέρας του ελέγχου.
11. Να λαμβάνει γνώση των αποτελεσμάτων των ελέγχων και των σχετικών εγγράφων και αναφορών που παράγονται και χρησιμοποιούνται κατά τη διάρκεια της διαδικασίας ελέγχου.
12. Να λαμβάνει αιτιολογημένη απόφαση σχετικά με τη διαδικασία ελέγχου.
13. Να προσφεύγει κατά της απόφασης του ελέγχου σύμφωνα με τον ΚΔΔ εφόσον ο έλεγχος δεν διεξήχθη κατά τις επιταγές του παρόντος νόμου
14. Να αξιώνει αποζημίωση για απώλεια ή ζημία που προκαλείται λόγω εσφαλμένων ενεργειών ή παραλείψεων των ελεγκτών ή εξαιτίας παράνομης απόφασης της αρμόδιας εποπτεύουσας αρχής σύμφωνα με τον ΚΔΔ.
15. Να λαμβάνει πληροφορίες, κατευθυντήριες γραμμές και οδηγίες για τη συμμόρφωση, να λαμβάνει γνώση των διαδικασιών, της μεθοδολογίας και των εντύπων που απαιτούνται για την άσκηση των δικαιωμάτων του και την εκτέλεση των καθηκόντων του και την εφαρμογή των σχετικών νόμων και κανονισμών από τις αρμόδιες εποπτεύουσες αρχές ή υπαλλήλους των.
16. Άλλα δικαιώματα που προβλέπονται στη σχετική νομοθεσία.