Κατά την άσκηση ενεργειών εποπτείας οι ελεγκτές έχουν τα εξής καθήκοντα και περιορίζονται από τις ακόλουθες απαγορεύσεις:
1. Να ασκούν τις ενέργειες εποπτείας σύμφωνα με τις διαδικασίες και εντός των ορίων που ορίζονται από τον παρόντα νόμο ή και άλλες σχετικές νομοθεσίες, μόνο μετά από υπηρεσιακή (έγγραφη ή προφορική) εντολή και ανάθεση διεξαγωγής ελέγχου.
2. Να ασκούν τα επίσημα καθήκοντα που εμπίπτουν στο πεδίο της αρμοδιότητάς τους χωρίς να επηρεάζονται από τρίτους, και να τηρούν τους κανόνες δεοντολογίας.
3. Να προτείνουν την εξαίρεσή τους από τη συμμετοχή σε άσκηση δραστηριοτήτων εποπτείας οικονομικού φορέα αν υπάρχουν γεγονότα που εγείρουν εύλογη αμφιβολία για την αμεροληψία του λόγω της σχέσης του με τον οικονομικό φορέα ή άλλων περιστάσεων που μπορεί να οδηγήσουν σε σύγκρουση ιδιωτικού και δημοσίου συμφέροντος.
4. Να σέβονται το (έννομο) συμφέρον και τη φήμη των οικονομικών φορέων και να τηρούν εχεμύθεια για τα εμπιστευτικά στοιχεία που περιέρχονται σε γνώση τους κατά την άσκηση των ενεργειών εποπτείας. Εξαίρεση από τον κανόνα αυτό είναι δυνατή σε περιπτώσεις που ρητά προβλέπεται από την εθνική ή ευρωπαϊκή νομοθεσία.
5. Να μην παρεμβαίνουν και να μην εμποδίζουν τη δραστηριότητα του οικονομικού φορέα εφόσον αυτή, δεν προκαλεί σημαντικό κίνδυνο για την ανθρώπινη υγεία και ασφάλεια και το περιβάλλον.
6. Να πληροφορούν τον εποπτευόμενο οικονομικό φορέα σχετικά με τα δικαιώματά του όσον αφορά τη διαδικασία εποπτείας και τις έννομες συνέπειες των πράξεων ή παραλείψεών του σε σχέση με τη διαδικασία.
7. Να διεξάγουν τον έλεγχο με βάση το φύλλο ελέγχου, όπου αυτό είναι απαιτητό ή άλλες σχετικές οδηγίες και να καταγράφουν τα αποτελέσματα του ελέγχου με τρόπο που προβλέπει η σχετική νομοθεσία.
8. Να παρέχουν στον οικονομικό φορέα ή και στους υπαλλήλους του κατευθυντήριες γραμμές και οδηγίες για τη συμμόρφωση κατά τα οριζόμενα παραπάνω.
9. Σε περίπτωση που απαιτείται η ερμηνεία διάταξης που προβλέπει υποχρεώσεις του οικονομικού φορέα, αυτή να παρέχεται τηρώντας την αρχή της αναλογικότητας.
10. Να είναι πλήρως υπεύθυνοι εντός του πλαισίου των αρμοδιοτήτων τους για τον έλεγχο που διεξάγεται, τα συναγόμενα συμπεράσματα, το περιεχόμενο των εγγράφων που συντάσσονται, την ορθότητα των αποδεικτικών στοιχείων και να γνωστοποιούν τα αποτελέσματα του ελέγχου στην αρμόδια αρχή η οποία στη συνέχεια μεριμνά για την κοινοποίηση των αποτελεσμάτων και τυχόν σχετικής απόφασης στον οικονομικό φορέα ή το νόμιμο εκπρόσωπό του εντός της προθεσμίας που θέτει ο νόμος.
11. Να τηρούν την αρχή της αναλογικότητας επί των αποφάσεων για την επιβολή επιβαλλομένων μέτρων και κυρώσεων λαμβάνοντας υπόψη τα στοιχεία που εξετάστηκαν κατά τη διάρκεια του ελέγχου καθώς και τα στοιχεία που τηρούνται από τον οικονομικό φορέα και υποδείχθηκαν στους ελεγκτές.
12. Να καταρτίζουν έκθεση ελέγχου ή αναφοράς όσον αφορά τα αιτήματα και τα συμπεράσματα, που προέκυψαν από τον έλεγχο.
13. Να τηρεί κάθε άλλο καθήκον και απαγόρευση που προβλέπεται σε σχετική νομοθεσία.