1. Στο «Επίπεδο 1», το Ε.Σ.ΚΕ.Π.Π. λειτουργεί σε 24ωρη βάση με στελεχωμένη τη μόνιμη οργανωτική δομή που περιλαμβάνει τον Διοικητή, το Γραφείο Διοικητή, τον Υποδιοικητή, την Ομάδα Επιχειρησιακών Συνδέσμων, την Ειδική Ομάδα Εκτίμησης Κατάστασης και τα αυτοτελή τμήματα Διοικητικής Υποστήριξης, Επιχειρησιακής Υποστήριξης, Επιστημονικών Πληροφοριών και Ενημέρωσης και Προειδοποίησης Πολιτών.
2. Στο «Επίπεδο 2», που προκύπτει ως αύξηση από το «Επίπεδο 1», ή ως μείωση από το «Επίπεδο 3», το Ε.Σ.ΚΕ.Π.Π. λειτουργεί σε καταστάσεις έκτακτης ανάγκης που απαιτούν ενίσχυση της μόνιμης οργανωτικής δομής του, με ενεργοποίηση κατά περίπτωση ΛΕ.Ε.Α. επιπέδου κεντρικής διοίκησης ή/και Τμημάτων, Γραφείων και Ομάδων Συντονισμού ΛΕ.Ε.Α., όταν από την εκτίμηση της κατάστασης δεν προκύπτει ανάγκη πλήρους ενεργοποίησής του.
3. Στο «Επίπεδο 3», ενεργοποιείται το σύνολο των Τμημάτων και Γραφείων του Ε.Σ.ΚΕ.Π.Π. καθώς και οι αναγκαίες ΛΕ.Ε.Α. και Ομάδες Συντονισμού ΛΕ.Ε.Α., ανάλογα με τις ανάγκες και τη φάση του κύκλου διαχείρισης καταστροφών. Το Επίπεδο αυτό ενεργοποιείται σε περιπτώσεις σημαντικών καταστάσεων έκτακτης ανάγκης ή όταν υπάρχει βέβαιος κίνδυνος για την εκδήλωση καταστροφικών φαινομένων, η αντιμετώπιση των οποίων απαιτεί παροχή οργανωμένης υποστήριξης από το επίπεδο της Κεντρικής Διοίκησης. Στην περίπτωση αυτή. Τη διοίκηση του Ε.Σ.Κ.ΕΠ.Π. αναλαμβάνει ο Διοικητής της Εθνικής Αρχής, τον οποίο επικουρεί κατά την άσκηση των καθηκόντων του και αναπληρώνει ο Διοικητής του Ε.Σ.ΚΕ.Π.Π..
4. Το εκάστοτε επίπεδο ενεργοποίησης του Ε.Σ.ΚΕ.Π.Π., ορίζεται με απόφαση του Διοικητή της Εθνικής Αρχής που λαμβάνεται κατόπιν σχετικής εισήγησης της Ειδικής Ομάδας Εκτίμησης Κατάστασης. Με όμοια απόφαση, ορίζεται και το προσωπικό της Εθνικής Αρχής που ανάλογα με το επίπεδο ενεργοποίησης, ενισχύει τη στελέχωση της βασικής οργανωτικής δομής και στελεχώνει τα τμήματα Επιχειρήσεων, Επιχειρησιακού Σχεδιασμού, Οικονομικού και Υποστήριξης, τα Γραφεία των τμημάτων αυτών καθώς και τις Ομάδες Συντονισμού ΛΕ.Ε.Α. του Ε.Σ.ΚΕ.Π.Π..