Η εκτέλεση του προϋπολογισμού της Εθνικής Αρχής ανήκει αποκλειστικά στην Εθνική Αρχή, στο πλαίσιο της πλήρους αυτοτέλειάς της. Επιτρέπεται, ιδίως, η μεταφορά πιστώσεων, από έναν λογαριασμό σε άλλον, ανάλογα με τις ανάγκες εκτέλεσης του προϋπολογισμού της, εφόσον δεν τροποποιείται το συνολικό ύψος του προϋπολογισμού που έχει αρχικώς εγκριθεί από τη Βουλή, σύμφωνα με τα οριζόμενα στις διατάξεις του ν. 4270/2014. Η μεταφορά πιστώσεων γίνεται με απόφαση του Διοικητή και κοινοποιείται στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους.