1. Για την πλήρωση της θέσης του Διοικητή της Εθνικής Αρχής εκδίδεται πρόσκληση εκδήλωσης ενδιαφέροντος από τον Υπουργό Προστασίας του Πολίτη.
2. Δικαίωμα υποβολής αίτησης έχουν όσοι πληρούν τα προσόντα της παραγράφου 2 του άρθρου 39 του παρόντος νόμου.
3. Με απόφαση του Υπουργού Προστασίας του Πολίτη συγκροτείται τριμελής Επιτροπή Επιλογής, στην οποία ανατίθεται η εξέταση των υποψηφιοτήτων και η εισήγηση τριών υποψηφίων για τη θέση του Διοικητή. Οι υποψήφιοι μπορούν να προέρχονται τόσο από τον δημόσιο και τον ευρύτερο δημόσιο τομέα, κατά την έννοια του άρθρου 51 του ν. 1892/1990 (Α’ 101), όσο και από τον ιδιωτικό τομέα, οι εν ενεργεία ή μη ή και οι εν αποστρατεία από τις Ένοπλες Δυνάμεις και τα Σώματα Ασφαλείας. Η Επιτροπή Επιλογής αποτελείται από τον Αρχηγό Γ.Ε.Ε.Θ.Α. ως Πρόεδρο, από ένα Αντιπρόεδρο του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους και έναν Καθηγητή Α.Ε.Ι. σε γνωστικό πεδίο συναφές με την αποστολή της Εθνικής Αρχής.
4. Ο υποψήφιος που επιλέγεται για την πλήρωση της θέσης του Διοικητή της Εθνικής Αρχής, διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Προστασίας του Πολίτη για θητεία πέντε (5) ετών, με δικαίωμα ανανέωσης για μία μόνο πενταετία.