1. Συνιστάται θέση Διοικητή της Εθνικής Αρχής, με βαθμό 1ο, της κατηγορίας ειδικών θέσεων και πενταετή θητεία. Ο Διοικητής επιλέγεται, διορίζεται και παύεται σύμφωνα με τις διαδικασίες των άρθρων 41 και 42 του παρόντος.
2. Ως Διοικητής επιλέγεται πρόσωπο εγνωσμένου κύρους που διακρίνεται για την επιστημονική του κατάρτιση και την επιχειρησιακή και διοικητική εμπειρία που απαιτεί η αποστολή της Εθνικής Αρχής. Για το διορισμό στη θέση του Διοικητή της Αρχής απαιτούνται:
α. Πτυχίο Α.Ε.Ι. ή ισότιμος τίτλος σπουδών σχολών της αλλοδαπής.
β. Επιχειρησιακή εμπειρία τουλάχιστον δέκα (10) ετών, ανάλογη με τις απαιτήσεις της Εθνικής Αρχής.
γ. Τουλάχιστον τριετή (3) εμπειρία, σε θέσεις ευθύνης, σε διοίκηση ανθρώπινου δυναμικού, κατάρτιση στρατηγικών σχεδίων, διαχείριση έργων και δραστηριοτήτων, στοχοθεσία, συντονισμό ομάδων και παρακολούθηση επίτευξης στόχων.
3. Πρόσθετα προσόντα κατά την επιλογή θεωρούνται:
α. Οι μεταπτυχιακοί τίτλοι διάρκειας τουλάχιστον ενός (1) έτους ή διδακτορικοί τίτλοι ελληνικού Α.Ε.Ι. ή αναγνωρισμένου ισότιμου τίτλου της αλλοδαπής, σε γνωστικά αντικείμενα που συμβάλλουν στην εκπλήρωση της αποστολής της Εθνικής Αρχής,
β. Πολύ καλή γνώση τουλάχιστον μιας ξένης γλώσσας, ιδίως της αγγλικής.
4. Ο Διοικητής έχει την ευθύνη λειτουργίας της Ε.Α.Π.Π. ασκεί τη διοίκησή της, έχει την ευθύνη λειτουργίας αυτής και είναι υπεύθυνος έναντι του Υπουργού Προστασίας της Πολίτη για την άσκηση των καθηκόντων του. Ειδικότερα:
α. Προΐσταται του Επιστημονικού Συμβουλίου του άρθρου 65 του παρόντος.
β. Είναι ο διοικητικός προϊστάμενος του προσωπικού της και ασκεί την επ’ αυτού πειθαρχική εξουσία.
γ. Εποπτεύει, ελέγχει, συντονίζει και κατευθύνει τις υπηρεσίες της.
δ. Παρακολουθεί την εκτέλεση των αποφάσεων, πορισμάτων και οποιωνδήποτε άλλων πράξεων της Ε.Α.Π.Π..
ε. Εισηγείται στον Υπουργό Προστασίας του Πολίτη νομοθετικές και κανονιστικές ρυθμίσεις.
5. Σε περίπτωση που διορίζεται σε θέση Διοικητή μόνιμος δημόσιος υπάλληλος ή με σχέση εργασίας ιδιωτικού δικαίου αορίστου χρόνου που υπηρετεί σε φορείς της παρ. 1 του άρθρου 14 του ν. 2190/1994, αναστέλλεται η άσκηση των καθηκόντων στην οργανική του θέση, στην οποία επανέρχεται αυτοδικαίως μετά τη λήξη της θητείας του. Ο χρόνος θητείας σε θέση Διοικητή λογίζεται ως χρόνος πραγματικής υπηρεσίας σε θέση Προϊσταμένου Γενικής Διεύθυνσης ως προς όλες τις υπηρεσιακές συνέπειες.
6. Ο Διοικητής της Εθνικής Αρχής υποχρεούται σε δήλωση περιουσιακής κατάστασης σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 3213/2003, όπως ισχύει.
7. Ο Διοικητής της Ε.Α.Π.Π. τελεί σε καθεστώς πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης.. Οι κάθε είδους αποδοχές του Διοικητή τακτικές ή πρόσθετες, για όλο το διάστημα της θητείας του, καθορίζονται με κοινή απόφαση του Υπουργών Προστασίας του Πολίτη και Οικονομικών.
8. Ο χρόνος της θητείας του Διοικητή, λογίζεται ως χρόνος πραγματικής υπηρεσίας για κάθε έννομη συνέπεια.