1. Ο Αρχηγός του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής ασκεί τη διοίκηση του Σώματος και επιλέγεται από το Κ.Υ.Σ.Ε.Α. σύμφωνα με τις διατάξεις του ν. 3654/2008 (Α΄- 57). Ειδικά κατά την έναρξη εφαρμογής του παρόντος νόμου η επιλογή του Αρχηγού γίνεται μεταξύ του Αρχηγού των λοιπών Αντιναύαρχων και των Υποναύαρχων του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής.
2. Ο Υπαρχηγός είναι άμεσος βοηθός του Αρχηγού, τον οποίο αναπληρώνει σε περίπτωση απουσίας ή κωλύματος ο αρχαιότερος από αυτούς.
3. Ο Αρχηγός και ο Υπαρχηγός βοηθούνται στην εκτέλεση των καθηκόντων τους από τον Προϊστάμενο του Επιτελείου του Αρχηγείου.
4. Ο Αρχηγός του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής μπορεί με απόφασή του που δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, να μεταβιβάζει στον Υπαρχηγό, στον Προϊστάμενο του Επιτελείου του Αρχηγείου, στο Γενικό Επιθεωρητή, στους επόπτες Περιφερειακών Διοικήσεων, στους Προϊσταμένους των Κλάδων του Αρχηγείου του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής και στους Προϊσταμένους των Κεντρικών και Περιφερειακών Υπηρεσιών επιπέδου Περιφερειακής Διοίκησης ορισμένες αρμοδιότητές του, εκτός από αυτές που του μεταβίβασε με απόφασή του ο Υπουργός Προστασίας του Πολίτη. Επίσης, μπορεί να μεταβιβάζει στο πιο πάνω όργανα να υπογράφουν «με εντολή του».
5. Ο Υπαρχηγός του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής, ο Προϊστάμενος του Επιτελείου του Αρχηγείου, ο Γενικός Επιθεωρητής, οι Επόπτες Περιφερειακών Διοικήσεων, οι Προϊστάμενοι των Κλάδων, οι Διευθυντές των Διευθύνσεων των Κλάδων του Αρχηγείου και οι Προϊστάμενοι των Κεντρικών και Περιφερειακών Υπηρεσιών επιπέδου Περιφερειακής Διοίκησης μπορούν να μεταβιβάζουν, ύστερα από έγκριση του Αρχηγού του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής σε υφισταμένους τους το δικαίωμα υπογραφής «με εντολή τους» για θέματα αρμοδιότητάς τους, εκτός από αυτά που τους μεταβίβασαν με αποφάσεις τους οι προϊστάμενοι τους.
6. Ο Αρχηγός του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής, ο Υπαρχηγός και ο Προϊστάμενος Επιτελείου του Αρχηγείου φέρουν το βαθμό του Αντιναυάρχου. Ο Υπαρχηγός του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής είναι ο αρχαιότερος μετά τον Αρχηγό Αντιναύαρχος Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής.
7. Ως Γενικός Επιθεωρητής Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής τοποθετείται ο αρχαιότερος Υποναύαρχος.
8. Ως Επόπτες Περιφερειακών Διοικήσεων τοποθετούνται Υποναύαρχοι.
9. Ως Προϊστάμενοι των Κλάδων του Αρχηγείου Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής τοποθετούνται Αρχιπλοίαρχοι του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής.
10. Ως Προϊστάμενοι των Περιφερειακών Διοικήσεων τοποθετούνται Αρχιπλοίαρχοι του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής.
11. Ως Προϊστάμενοι των Διευθύνσεων Κλάδων του Αρχηγείου και των Κεντρικών και Περιφερειακών Υπηρεσιών αντίστοιχου επιπέδου τοποθετούνται Αρχιπλοίαρχοι ή ανώτεροι αξιωματικοί του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής. Επίσης, αξιωματικοί με το βαθμό του πλοιάρχου τοποθετούνται και ως βοηθοί των Προϊσταμένων των Περιφερειακών Διοικήσεων του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής.
12. Οι ανώτατοι αξιωματικοί του Λιμενικού Σώματος-Ελληνικής Ακτοφυλακής τοποθετούνται με απόφαση του Αρχηγού του Σώματος.