Πόροι της Εθνικής Κεντρικής Αρχής Προμηθειών Υγείας (Ε.Κ.Α.Π.Υ.) είναι:
α) η τακτική επιχορήγηση από τον κρατικό προϋπολογισμό μέσω του ειδικού προϋπολογισμού του Υπουργείου Υγείας, από τον προϋπολογισμό Δημοσίων Επενδύσεων και από κάθε έκτακτη επιχορήγηση,
β) το ειδικό τέλος, το οποίο αποτελεί ποσοστό επί εκάστης σύμβασης που υπογράφεται και αφορά σε κεντρικούς διαγωνισμούς που έχουν διενεργηθεί από την Ε.Κ.Α.Π.Υ.,
γ) τα έσοδα από πωλήσεις αγαθών στους φορείς του άρθρου 7,
δ) τα έσοδα από την παροχή υπηρεσιών στους φορείς του άρθρου 7,
ε) οι δωρεές, οι κληρονομιές, τα κληροδοτήματα, οι εισφορές και οι επιχορηγήσεις από τρίτους, καθώς και τα έσοδα από κάθε είδους δραστηριότητα ή οι πρόσοδοι από την κινητή και ακίνητη περιουσία της.