- Οι δαπάνες λειτουργίας της Ειδικής Υπηρεσίας ΚΚΤ και ΤΕ, καλύπτονται από τον τακτικό προϋπολογισμό του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών, πλην των δαπανών λειτουργίας της Συντονιστικής Αρχής ΚΚΤ, οι οποίες καλύπτονται από τους πόρους της τεχνικής βοήθειας του Κοινωνικού Κλιματικού Ταμείου. Οι αναγκαίες πιστώσεις για τις δαπάνες λειτουργίας της Ειδικής Υπηρεσίας ΚΚΤ και ΤΕ εγγράφονται, κάθε έτος, σε ιδιαίτερο φορέα και με ιδιαίτερους κωδικούς στον προϋπολογισμό του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών. Οι αναγκαίες πιστώσεις για τις δαπάνες λειτουργίας της Συντονιστικής Αρχής ΚΚΤ εγγράφονται σε ειδικό έργο συλλογικής απόφασης του Αναπτυξιακού Προγράμματος Δημοσίων Επενδύσεων (ΑΠΔΕ) του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών, σύμφωνα με τον ν. 5140/2024 (Α΄ 154).
- Αρμόδια για τη διαχείριση των πιστώσεων του τακτικού προϋπολογισμού, την έκδοση αποφάσεων δέσμευσης του προϋπολογισμού, την εκκαθάριση και την πληρωμή δαπανών, συμπεριλαμβανομένης της μισθοδοσίας, τυχόν επιπλέον ανταμοιβών και λοιπών παροχών του προσωπικού, που βαρύνει τον τακτικό προϋπολογισμό, είναι η Γενική Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών. Ως προς την επιβάρυνση του ΑΠΔΕ ισχύει ο ν. 5140/2024.
- Στην Ειδική Υπηρεσία ΚΚΤ και ΤΕ ανήκουν η διαχείριση, συντήρηση και εποπτεία των κτιρίων, εγκαταστάσεων, επίπλων και κάθε άλλου εξοπλισμού αυτών, των μηχανημάτων και του αναλώσιμου ή μη υλικού που διατίθενται για τις ανάγκες των υπηρεσιών της. Η Ειδική Υπηρεσία ΚΚΤ και ΤΕ δύναται να προβεί, διά του αρμοδίου για το ΚΚΤ και ΤΕ Υπουργού, στη σύναψη σύμβασης μίσθωσης ακινήτου για την κάλυψη των στεγαστικών της αναγκών, κατόπιν δημοσίευσης πρόσκλησης εκδήλωσης ενδιαφέροντος, κατά παρέκκλιση του ν. 3130/2003 (Α΄ 76) περί μισθώσεων ακινήτων για τη στέγαση δημόσιων υπηρεσιών. Αν η μίσθωση ακινήτου αφορά σε επέκταση της Ειδικής Υπηρεσίας ΚΚΤ και ΤΕ σε μη μισθωμένους χώρους του ίδιου ή παρακείμενου ακινήτου, επί του οποίου αυτή είναι ήδη εγκατεστημένη, δεν απαιτείται η προηγούμενη δημοσίευση πρόσκλησης εκδήλωσης ενδιαφέροντος, η δε σχετική σύμβαση συνάπτεται από τον Διοικητή της Ειδικής Υπηρεσίας ΚΚΤ και ΤΕ.
- Η Ειδική Υπηρεσία ΚΚΤ και ΤΕ δύναται να συνάπτει και να παρακολουθεί συμβάσεις, συμπεριλαμβανομένων συμβάσεων τεχνικής βοήθειας, για την καλύτερη αντιμετώπιση των στόχων του Κοινωνικού Κλιματικού Ταμείου και του Ταμείου Εκσυγχρονισμού. Οι επιμέρους πράξεις για την εκτέλεση των συμβάσεων διενεργούνται από τον αρμόδιο για το ΚΚΤ και ΤΕ Υπουργό.
- Για διοικητικά και οικονομικά θέματα, το Γραφείο Διοικητή και το Αυτοτελές Τμήμα Νομικής Υποστήριξης επικουρούνται από τις οργανικές μονάδες του Υπουργείου Εθνικής Οικονομίας και Οικονομικών, βάσει των αρμοδιοτήτων τους.
- Η Μονάδα Οργάνωσης και Διαχείρισης του Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης (Μ.Ο.Δ) Α.Ε. ορίζεται ως δικαιούχος πράξεων τεχνικής βοήθειας του Προγράμματος του Κοινωνικού Κλιματικού Ταμείου.