- Στην Ειδική Υπηρεσία ΚΚΤ και ΤΕ προΐσταται Διοικητής, ο οποίος διορίζεται με κοινή απόφαση του Πρωθυπουργού και του αρμόδιου για το ΚΚΤ και ΤΕ Υπουργού, η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Ο Διοικητής της Ειδικής Υπηρεσίας ΚΚΤ και ΤΕ είναι πρόσωπο εγνωσμένου κύρους και μακρόχρονης επαγγελματικής εμπειρίας σε τομείς σχετικούς με χρηματοδοτικά εργαλεία. Η θητεία του Διοικητή είναι τριετής και δύναται να ανανεωθεί με όμοια απόφαση, άπαξ, για ίσο χρονικό διάστημα. Η θητεία του Διοικητή είναι δυνατόν να λήξει οποτεδήποτε με κοινή απόφαση του Πρωθυπουργού και του αρμόδιου για το ΚΚΤ και ΤΕ Υπουργού, η οποία δημοσιεύεται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως,χωρίς να γεννάται αξίωση αποζημίωσης εκ μέρους του Διοικητή.
- Για τον Διοικητή της Ειδικής Υπηρεσίας ΚΚΤ και ΤΕ εφαρμόζονται αναλογικά τα άρθρα 41, περί Γενικών Γραμματέων, 43, περί αξιολόγησης Γενικών και Ειδικών Γραμματέων, και 44, περί γενικών διατάξεων για τους Γενικούς και Ειδικούς Γραμματείς, και το Κεφάλαιο Α’ του Μέρους Δ’, περί κωλυμάτων, ασυμβιβάστων και κανόνων αποφυγής σύγκρουσης συμφερόντων των μελών της Κυβέρνησης, των Υφυπουργών, των Γενικών και Ειδικών Γραμματέων, των οργάνων διοίκησης του δημόσιου τομέα και των μετακλητών υπαλλήλων του ν. 4622/2019 (Α’ 133).
- Ο Διοικητής ασκεί όλες τις αρμοδιότητες που προβλέπονται στο πλαίσιο λειτουργίας της Ειδικής Υπηρεσίας ΚΚΤ και ΤΕ, σύμφωνα με το άρθρο 3.
- Ο Διοικητής λαμβάνει τις αποδοχές του Γενικού Γραμματέα που ορίζονται στο άρθρο 41 του ν. 4622/2019. Ο Διοικητής, με την ανάληψη των καθηκόντων του, υπογράφει συμβόλαιο απόδοσης με τον αρμόδιο για το ΚΚΤ και ΤΕ Υπουργό, το οποίο καθορίζει ποιοτικούς και ποσοτικούς στόχους και στο οποίο προβλέπεται πρόσθετη ετήσια ειδική ανταμοιβή (bonus) του Διοικητή σε περίπτωση επίτευξης των εν λόγω στόχων. Το σύνολο των αποδοχών και της ειδικής ανταμοιβής δεν δύναται να υπερβαίνει το ογδόντα τοις εκατό (80%) του ανώτατου ορίου της περ. α) της παρ. 3 του άρθρου 28 του ν. 4354/2015 (Α’ 176).
- Ο Διοικητής δύναται να συστήνει ομάδες εργασίας, οι οποίες τον συνεπικουρούν στην άσκηση των αρμοδιοτήτων του.