Με την παράγραφο 1 του άρθρου 3 συμπληρώνονται οι αρμοδιότητες της εθνικής αρχής συντονισμού του άρθρου 2 του Ν. 3614/2007, ώστε να αναλάβει και την εποπτεία, το συντονισμό, την παρακολούθηση και την αξιολόγηση της πορείας υλοποίησης των Επιχειρησιακών Συμφωνιών Υλοποίησης.
Με την παράγραφο 2 του άρθρου 3 προστίθεται στο άρθρο 2 του Ν. 3614/2007 παράγραφος 4, με την οποία δίδεται εξουσιοδότηση στους Υπουργούς Οικονομίας, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας και Οικονομικών να καθορίσουν τα όργανα, τα δικαιολογητικά, τις διαδικασίες και κάθε άλλη σχετική λεπτομέρεια που απαιτείται, για την καταβολή στους δικαιούχους της χρηματοδότησης στις περιπτώσεις επιχορηγήσεων του άρθρου 7 του Κανονισμού (ΕΚ) 1080/2006 και του άρθρου 11 του Κανονισμού (ΕΚ) 1081/2006, όπως αυτοί τροποποιήθηκαν με τους Κανονισμούς (ΕΚ) 396/2009 και 397/2009.