Η ΟΔ.Υ.Σ.Ε.ΑΣ. διαρθρώνεται σε Διευθύνσεις και Τμήματα, ως εξής:
Α. Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών (Δ1)
Στη Διεύθυνση Διοικητικών Υπηρεσιών (Δ1) υπάγονται τα εξής Τμήματα:
α) Τμήμα Εκπαίδευσης και Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού (Δ1α)
β) Τμήμα Διοικητικής Υποστήριξης και Λειτουργικής Μέριμνας (Δ1β)
Β. Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών (Δ2)
Στη Διεύθυνση Οικονομικών Υπηρεσιών (Δ2) υπάγονται τα εξής Τμήματα:
α) Τμήμα Προϋπολογισμού και Οικονομικής Διαχείρισης (Δ2α)
β) Τμήμα Λογιστηρίου και Πληρωμών (Δ2β)
γ) Τμήμα Προμηθειών, Διαγωνισμών και Συμβάσεων (Δ2γ)
Γ. Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διαχείρισης Οδικών Υποδομών (Δ3)
Στη Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διαχείρισης Οδικών Υποδομών (Δ3) υπάγονται τα εξής Τμήματα:
α) Τμήμα Ψηφιακής Διαχείρισης Οδικών Παραβάσεων και Ενημέρωσης του Πολίτη (Δ3α)
β) Τμήμα Ηλεκτρονικής Διαχείρισης Οδικών Υποδομών και Διαλειτουργικότητας (Δ3β)
Δ. Διεύθυνση Εθνικού Παρατηρητηρίου Οδικής Ασφάλειας (Δ4)
Στο Εθνικό Παρατηρητήριο Οδικής Ασφάλειας (Δ4) υπάγονται τα εξής Τμήματα:
α) Τμήμα Συλλογής και Επεξεργασίας Δεδομένων Οδικής Ασφάλειας (Δ4α)
β) Τμήμα Δημοσιοποίησης Δεδομένων, Επικοινωνίας και Υποστήριξης Δράσεων Οδικής Ασφάλειας
(Δ4β).
Στις αρμοδιότητες του Εθνικού Παρατηρητηρίου Οδικής Ασφάλειας περιλαμβάνονται:
α) η κατάρτιση της Εθνικής Στρατηγικής για την Οδική Ασφάλεια,
β) η διενέργεια μελετών για τη μείωση των οδικών ατυχημάτων,
γ) η διενέργεια ενημερωτικών εκστρατειών για την προώθηση της οδικής ασφάλειας,
δ) η εκπροσώπηση της χώρας σε συνέδρια για θέματα οδικής ασφάλειας και
ε) η σύναψη προγραμματικών συμφωνιών με επιστημονικούς φορείς και πανεπιστημιακά ιδρύματα
για δράσεις προώθησης της οδικής ασφάλειας.
Ε. Αυτοτελές Τμήμα Κυκλοφοριακών Συνδέσεων, Αδειών Διέλευσης και Ακίνητης Περιουσίας (Δ5α).