1. Πόροι της ΕΕΔΑ είναι η επιχορήγηση από τον κρατικό προϋπολογισμό, στον οποίο αναγράφεται ειδικός κωδικός αριθμός. Χρηματοδοτήσεις από άλλες πηγές είναι δυνατές, εφόσον γίνουν αποδεκτές από την Ολομέλεια της ΕΕΔΑ. Η διάθεση των πιστώσεων και η διενέργεια των αντίστοιχων δαπανών γίνονται από τον Πρόεδρο της ΕΕΔΑ, ως κύριο διατάκτη. Η ΕΕΔΑ καταρτίζει δικό της προϋπολογισμό που συντάσσεται με ευθύνη του Προέδρου της. Κατά την εκτέλεση του προϋπολογισμού της διαθέτει πλήρη αυτοτέλεια και δεν απαιτείται σύμπραξη άλλου οργάνου. Ο προϋπολογισμός καταρτίζεται σε ετήσια βάση και υποβάλλεται απευθείας στο Γενικό Λογιστήριο του Κράτους, σύμφωνα με τη διαδικασία που προβλέπεται στο Δημόσιο Λογιστικό. Η ΕΕΔΑ μπορεί να μετέχει σε εθνικά, ευρωπαϊκά ή συγχρηματοδοτούμενα ερευνητικά ή άλλα προγράμματα. Για τον σκοπό αυτό η ΕΕΔΑ, με απόφαση του Προέδρου της, μπορεί να ανοίγει απλό τραπεζικό λογαριασμό, στον οποίο μεταφέρονται οι πιστώσεις από τα προγράμματα αυτά και από άλλους πόρους.
2. Η ΕΕΔΑ, με απόφαση της Ολομέλειας, μπορεί να συνάπτει συμφωνίες με ανώτατα εκπαιδευτικά ιδρύματα και άλλους φορείς για την εκπλήρωση της αποστολής της.
4. Η ΕΕΔΑ δύναται να αναθέτει σε τρίτους με σύμβαση έργου, σύμφωνα με τις οικείες διατάξεις περί δημοσίων συμβάσεων, εργασίες που λόγω εξαιρετικών περιστάσεων δεν μπορεί να εκτελέσει η ίδια, λόγω εξειδικευμένου αντικειμένου ή αδυναμίας εκτέλεσης από το υπάρχον προσωπικό.