Ο έλεγχος που διενεργεί η Α.Ε.Μ.Ε. κατά το συμβατικό στάδιο των δημοσίων συμβάσεων έργων, μελετών και συναφών υπηρεσιών αφορά:
α. Στην έκδοση των βεβαιώσεων περί του ανεκτέλεστου υπολοίπου των συμβάσεων.
β. Στην τακτική ή έκτακτη επιθεώρηση των εκτελούμενων συμβάσεων, σύμφωνα με όσα ορίζονται στον «Κανονισμό Λειτουργίας και Διαχείρισης».
γ. Στην επιβολή των προβλεπόμενων από την κείμενη νομοθεσία διοικητικών ή οικονομικών κυρώσεων στους αναδόχους των ως άνω συμβάσεων. Μετά την επιβολή οικονομικών ποινών, η Α.Ε.Μ.Ε. συντάσσει αντίστοιχους χρηματικούς καταλόγους και τους αποστέλλει στην αρμόδια Δημόσια Οικονομική Υπηρεσία (Δ.Ο.Υ.) για βεβαίωση και είσπραξη.
δ. Στην συμμετοχή εκπροσώπου της Α.Ε.Μ.Ε. στις Επιτροπές Προσωρινής Παραλαβής των έργων.
ε. Στη σύνταξη αναφορών προς τον Υπουργό Υποδομών, Μεταφορών και Δικτύων, για την κίνηση διαδικασίας πειθαρχικού ελέγχου υπαλλήλων των αναθετουσών αρχών, σε περιπτώσεις που διαπιστώνονται παράνομες πράξεις ή παραλείψεις κατά την εκτέλεση των καθηκόντων τους.
Άρθρ. 81 γ’: «Στην επιβολή των προβλεπόμενων από την κείμενη νομοθεσία διοικητικών ή οικονομικών κυρώσεων στους αναδόχους των ως άνω συμβάσεων. Μετά την επιβολή οικονομικών ποινών, η Α.Ε.Μ.Ε. συντάσσει αντίστοιχους χρηματικούς καταλόγους και τους αποστέλλει στην αρμόδια Δημόσια Οικονομική Υπηρεσία (Δ.Ο.Υ.) για βεβαίωση και είσπραξη»:
Για ποιες ακριβώς διοικητικές ή οικονομικές κυρώσεις πρόκειται; Η διάταξη είναι απολύτως ασαφής και αφήνει μεγάλο περιθώριο παρερμηνειών.
Άρθρο 81 Έλεγχος του συμβατικού σταδίου των υπαγομένων συμβάσεων.
Ο έλεγχος του ανεκτέλεστου υπολοίπου των συμβάσεων μέχρι τώρα γινόταν από τη Διευθύνουσα Υπηρεσία. Εάν ένα έργο πρόκειται να εκτελεστεί στην Αλεξανδρούπολη με ποια στοιχεία θα κάνει τον έλεγχο του ανεκτέλεστου η ΑΕΜΕ; Προφανώς από τα στοιχεία που θα της δώσει η τοπική Διευθύνουσα Υπηρεσία. Θα μετατραπούν οι υπηρεσίες σε γραμματειακή στήριξη της ΑΕΜΕ. Ευτελίζεται η εμπειρία και η προσφορά όλων των υπαλλήλων των υπηρεσιών του ΥΠ.Υ.ΜΕ.ΔΙ..
Παράγραφος ε.
Δεν φαίνεται εάν διατηρείται το Σώμα Επιθεωρητών Δημοσίων Έργων ή εάν οι αρμοδιότητες του Σώματος θα αναληφθούν από την ΑΕΜΕ. Επίσης ποιά είναι η τύχη των Πειθαρχικών Συμβουλίων των Εργοληπτών και των Μελετητών;
Η ΑΕΜΕ θα ασκεί πειθαρχικές διώξεις με τη σύνταξη αναφορών και τα πορίσματά της σε βάρος των υπαλλήλων χωρίς να υπάρχει η φερεγγυότητα των Επιθεωρητών Δημοσίων Έργων. Οι υπάλληλοι θα ελέγχονται από ανθρώπους που δεν έχουν γνώση του αντικειμένου. Σύμφωνα με τον Υπαλληλικό Κώδικα πρέπει να ελέγχεσαι από υπάλληλο μεγαλύτερης βαθμίδας και βαρύτητας.